สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์เป็นส่วนราชการที่ตั้งขึ้นตามมาตรา 7 แห่งพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ.2518 เดิมใช้ชื่อว่า สำนักงานอธิการ ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนาม “สถาบันราชภัฏ” ให้แก่วิทยาลัยครู สำนักงานอธิการ จึงเปลี่ยนเป็นสำนักงานอธิการบดี ตามมาตรา 10 แห่งพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ.2538 แบ่งส่วนราชการออกเป็น 10 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายอาคารสถานที่ ฝ่ายยานพาหนะ ฝ่ายแผนงาน ฝ่ายกิจการนักศึกษา และฝ่ายสวัสดิการ
เมื่อเปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏ ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 มาตรา 10 มีการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานอธิการบดีเป็น 3 กอง ได้แก่ (1) กองกลาง (2) กองนโยบายและแผน (3) กองพัฒนานักศึกษา สำนักงานอธิการบดีเป็นหน่วยงานที่ส่งเสริมสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยงานต่างๆ ให้สามารถปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพตามภารกิจหลักของมหาวิทยาลัย
นอกจากนี้มหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ยังมีพื้นที่ที่ตำบลหัวไทร อำเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา จำนวน 500 ไร่ ทำให้สำนักงานอธิการบดี มีการแบ่งส่วนงานเพิ่มอีกส่วนงานหนึ่ง ซึ่งอยู่ในสายการบังคับบัญชาของสำนักงานอธิการบดี
สถานที่ตั้ง
1. สำนักงานอธิการบดีมีสำนักงานที่อาคารเรียนรวมและอำนวยการ ชั้น 1 มหาวิทยาลัย ราชภัฏราชนครินทร์ เลขที่ 422 ถนนมรุพงษ์ ตำบลหน้าเมือง อำเภอเมือง จังหวัดฉะเชิงเทรา 24000
2. สำนักงานอธิการบดี (บางคล้า) มีสำนักงานที่อาคารสภามหาวิทยาลัย ชั้น 1 ตำบลหัวไทร อำเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา
